由于屋顶花园夏季气温高、风大、土层保湿性能差，冬季则保温性差，因而应选择适应性强、耐干早、抗寒性强、耐瘠薄的植物，同时，考虑到屋顶的特殊地理环境和承重的要求，应注意多选择喜光的花、草、地被植物、矮小的灌木、藤本、小乔木和草本植物，以利于植物的运输、栽种、管理。不宜选用根系穿透性强和抗风能力弱的乔、灌木(如黄葛树、小叶榕、雪松等)。

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屋顶花园植物种植方式主要有如下几种。

(1)盆栽陶瓷、塑料、金属等各种材料的花盆种植草本或木本植物，应季布置，根据其盛花期随时更换。

(2)花草种植 利用空心砖、木、竹等做成各种花槽栽植各类植物。

(3)花坛种植将不同种类、大小、颜色的植物集中栽种在一定形状的苗床内，使其发挥群体美的一种布置方式。

(4)整片地毯式种植将草坪等地被植物整片地毯式种植，覆盖屋顶。

(5)棚架式种植屋顶荷载允许的情况下，可以搭设阴棚花架栽种葡萄、紫藤、凌霄、木香等藤本植物。在平台的墙壁上可以栽种爬山虎、常春藤等。

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(6)自然式种植屋顶荷载很好的情况下，可以设计徵地形，乔木、灌木、地被植物搭配种植，模仿自然园林植物进行栽植前首先用粉笔在屋面上根据设计要求划出花坛，花架、道路、排水孔道浇灌设备的位置，在屋面铺设5-10厘米的排水层，然后在过滤层上铺设轻质人造土种植层，厚度依植物而定。花坛或种植槽内的排水孔事先必须用碎片或尼龙窗纱盖住，然后才能铺排水层与种植层。栽植树木或花草时，必须使根系舒展，剪去过长的根，使土壤与植物根系紧密结合。栽后立即浇水1次。